为了登上神奇宝贝训练师的顶点，真新镇的少年小智带着大木博士赠送的神奇宝贝图鉴，踏上了漫长的旅途。在经历了与拥有同样目标的竞争对手小茂的战斗、与小蓝的相遇。以及与火箭队的殊死激战之后，小智终于如愿以偿获得了神奇宝贝联盟大赛的冠军……

芳缘地区的神奇宝贝图鉴所有者路比、沙菲雅来到了对战开拓区！虽然米拉特得到了强援的帮助，可事态还是发生了急剧的变化！再次现身的盔甲男终于捕捉到了基拉祈！

对战塔成为了最终决战的战场！所有的一切都被卷入到了这场大决战当中！

基拉祈实现的愿望到底是什么呢？

第一章

第二章

第三章

第四章

第五章

第六章