基因工程专业研究生森久保与夫深受原因不明的身体功能障碍困扰，于是前去拜访精神分析医师，接受了催眠治疗。不知为何，他在睡梦中亲身体验了生物进化的全过程。其后，一位自称来自神秘组织“卡戎”的女子前来拜访。与夫从她口中得知，地球生物的氨基酸比例并不符合常理，而这意味着有某种意志在控制着生物的进化。现在，人类的基因实验触发了开关，一场意图毁灭人类的进化已经拉开序幕。
“卡戎”组织的宗旨正是阻止进化毁灭人类，而与夫则是他们所需要的关键人物。他们派人来接触与夫，是要让与夫回忆起他的真实身份，并完成自己的使命——击败进化，拯救人类。

作为山田正纪作家生涯早期代表作之一，《终极敌人》不但体现了他对科幻的独特理解，还展现出了他身为科幻作家的野心和与之相匹配的不俗才能。

不断创作各类作品而积累起来的多样性，作品
本身所具有的游戏式的观感，这些特质无论在七十
年代还是如今都具有强大的力量，而它们正是山田
正纪的优势。《终极敌人》便是拥有如此优势的山
田正纪所创造出的耀眼结晶。
——日本作家、评论家 镜明

“大肠杆菌号”是一艘极其特别的宇宙飞船。
它除了是飞船，还是一个大肠杆菌的DNA模型。它是检测宇宙中进化力强度的工具，也是人类与进化作战的前哨基地。
如果计算机可以被比作人脑，那么“大肠杆菌号”也可以被比作工程学意义上的生物基因。它的内部既有DNA双螺旋的结构，也有相当于RNA酶的物质，可以像真正的大肠杆菌那样完成遗传过程。
连接双螺旋的四种碱基，以及三个碱基一组的密码子都通过电子工程学被完美地模拟出来。唯一不同于生物DNA的地方，就是“大肠杆菌号”不会根据遗传信息合成真正的氨基酸，而只会在计算机中把合成的氨基酸信息记录下来。
与夫的大脑中缓缓流过一幅画面：木星环与木卫二公转轨道的交汇处，飘浮着一个放大数万倍的大肠杆菌DNA模型。
很多人可能会觉得“大肠杆菌号”这个名字不太雅观，但其实卡戎的科学家们只是出于客观严谨才给它起了这个名字，并不是在故意标新立异。用飞船模拟大肠杆菌只是出于一种习惯，因为大肠杆菌是所有的遗传学者最熟悉的生物。
——DNA的双螺旋可以进行自我复制，并通过合成mRNA精准地传递遗传信息。然而，在紫外线等太阳辐射和其他宇宙射线的照射下，DNA的复制有时会出现少量错误，这就是基因突变。
多数情况下，由突变基因合成的蛋白质都十分劣质，很快就会被分解掉。但也存在极少数的情况，突变基因有利于物种的存续，这时突变基因就会被保留下来。
基因突变的结果在自然选择作用下逐渐积累，生物便呈现出了现在的样子。
真的是这样吗？
大约四十年前——与夫简直想要抱紧自己的头，他想起的事情越来越多。到底是从何时算起的四十年前呢——一个遗传学的业余爱好者对上述突变理论提出了质疑。他认为，进化更像是一个井然有序的过程，有着明确的方向性，很难单纯用基因突变和自然选择去解释，应该还有某种意志在背后推动着它……
否则，我们将很难完全解释新物种是如何诞生的——绿藻是如何变成蕨类植物，爬虫类动物又是如何变成哺乳类动物的呢？
顺着这个思路，那个业余爱好者提出，应该在引力、强核力等四大基本物理力之上，再补充一个“进化力”。
当然，这个学说在发表初期无人问津。直到十年后……
随着引力波研究的不断推进，一位生物学家突然产生了一个奇思妙想——生物从海洋登上陆地后，进化的速度明显加快了。这或许不仅仅是因为生物的体重增加了，更重要的是因为引力与进化之间存在着某种本质上的联系。 当引力波的性质被完全判明，进化力的存在也得到了证实。科学界明确指出，地球上的一切生物都生活在进化力的作用下。
后来，后来……
——后来怎么样了？
与夫蜷缩在墙角，无力地垂下了头。他怎么也想不起来后来发生了什么。