本书共9章，介绍了蝶类线粒体基因组特点、研究方法和蝶类的分子系统学研究进展。测定了10个蝶类物种的线粒体基因组序列，包括我国珍稀濒危和"三有"蝴蝶物种，如金斑喙凤蝶（广西亚种）、枯叶蛱蝶、燕凤蝶等。采用线粒体单个基因与核基因联合序列、线粒体全基因组序列、线粒体全基因组序列与核基因Winglee联合序列、线粒体全基因组序列与核基因EF-1α联合序列，通过构建NJ、MP、ML和BI系统发育树，探讨了蝶类的分子系统发育关系。

前言
章蝴蝶的分类研究
1.1国外蝶类分类研究
1.2国内蝶类分类研究
参考文献
第2章蝶类线粒体基因组
2.1蝶类昆虫线粒体基因组
2.2线粒体基因组的研究方法
2.2.1基于物理分离的方法
2.2.2基于常规PCR技术的方法
2.2.3基于LA——PCR技术的方法
2.2.4高通量测序技术
2.2.5线粒体基因组数据的分析方法
2.3蝶类线粒体基因组全序列测序进展
2.4线粒体基因组在蝶类系统发育研究中的应用
2.4.116SrDNA基因
2.4.2Cytb基因
2.4.3COI和COII基因
2.4.4ND1和ND5基因
2.4.5线粒体基因组全序列
参考文献
第3章蝶类的分子系统学研究
3.1分子系统学的研究内容与方法
3.1.1蛋白质水平标记
3.1.2DNA分子标记
3.1.3DNA序列分析
3.2系统发育的推断方法——构建分析系统发育树
3.2.1系统发育树
3.2.2常用的系统发育树
3.3蝶类分子系统学的研究进展
参考文献
第4章材料与方法
4.1材料
4.2方法
4.2.1DNA提取
4.2.2引物设计
4.2.3PCR扩增
4.2.4序列的拼接和注释
4.3序列分析及系统发育树的构建
4.3.1序列比对
4.3.2系统发育信号检测
4.3.3系统发育树的构建
参考文献
第5章10种蝴蝶的线粒体基因组分析
5.1玉斑凤蝶线粒体基因组
5.1.1线粒体基因组全序列的结构与组成
5.1.2基因间隔与重叠
5.1.3碱基组成特征
5.1.4蛋白质编码基因
5.1.5核糖体RNA和转运RNA
5.1.6A+T富含区
5.2玉带凤蝶线粒体基因组
5.2.1线粒体基因组全序列的结构与组成
5.2.2基因间隔与重叠
5.2.3碱基组成特征
5.2.4蛋白质编码基因
5.2.5核糖体RNA及转运RNA
5.2.6A+T富含区
5.3碧凤蝶线粒体基因组
5.3.1线粒体基因组全序列的结构与组成
5.3.2基因间隔与重叠
5.3.3碱基组成特征
5.3.4蛋白质编码基因
5.3.5核糖体RNA和转运RNA
5.3.6A+T富含区
5.4金斑喙凤蝶（广西亚种）线粒体基因组
5.4.1线粒体基因组全序列的结构与组成
5.4.2基因间隔与重叠
5.4.3碱基组成特征
5.4.4蛋白质编码基因
5.4.5核糖体RNA和转运RNA
5.4.6A+T富含区
5.5燕风蝶线粒体基因组
5.5.1线粒体基因组全序列的结构与特征
5.5.2基因间隔与重叠
5.5.3碱基组成特征
5.5.4蛋白质编码基因
5.5.5核糖体RNA和转运RNA
5.5.6A+T富含区
5.6箭环蝶线粒体基因组
5.6.1线粒体基因组全序列的结构与特征
5.6.2基因间隔与重叠
5.6.3碱基组成特征
5.6.4蛋白质编码基因
5.6.5核糖体RNA和转运RNA
5.6.6A+T富含区
5.7蓝点紫斑蝶线粒体基因组
5.7.1线粒体基因组全序列的结构与组成
5.7.2基因间隔与重叠
5.7.3碱基组成特征
5.7.4蛋白质编码基因
5.7.5核糖体RNA和转运RNA
5.7.6A+T富含区
5.8枯叶蛱蝶线粒体基因组
5.8.1线粒体全序列的结构与组成
5.8.2基因间隔与重叠
5.8.3碱基组成特征
5.8.4蛋白质编码基因
5.8.5核糖体RNA和转运RNA
5.8.6A+T富含区
5.9黄斑弄蝶线粒体基因组
5.9.1线粒体基因组全序列的结构与组成
5.9.2基因间隔与重叠
5.9.3碱基组成特征
5.9.4蛋白质编码基因
5.9.5核糖体RNA及转运RNA
5.9.6A+T富含区
5.10青斑蝶线粒体基因组
5.10.1线粒体基因组全序列的结构与组成
5.10.2基因间隔与重叠
5.10.3碱基组成与特征
5.10.4蛋白质编码基因
5.10.5核糖体RNA和转运RNA
5.10.6A+T富含区
参考文献
第6章基于16SrRNA和16SrRNA+Wingless基因联合序列蝶类的系统发育
6.1材料与方法
6.1.1材料
6.1.2系统发育树的构建
6.2结果与分析
6.2.1基于16SrRNA序列构建的NJ、MP和BI系统发育树
6.2.2基于16SrRNA+Wingless基因联合序列构建的
NJ、MP和BI系统发育树
6.3讨论
6.3.1总科级分类单元的系统关系
6.3.2科级分类单元的系统关系
6.3.3不同数据集和构树方法间的差异
6.3.4外群的选择
参考文献
第7章基于线粒体基因组全序列鳞翅目的系统发育分析
7.1材料与方法
7.1.1物种选取
7.1.2系统发育树的构建
7.2结果与分析
7.3讨论
7.3.1总科级分类单元的系统关系
7.3.2科级分类单元的系统关系
参考文献
……
第8章基于线粒体基因组全序列与核基因EF——1a序列的蝶类系统发育分析
第9章基于线粒体基因组全序列与无翅基因（Winglees）序列蝶类的系统发育分析