郑和是明代最出色的航海家。从永乐三年(1405)至宣德八年(1433)的二十九年间他屡率舟师大规模远洋航行，创造远程航海史的壮举。由于郑和远航的全部档案被当年兵部侍郎刘大夏付之一炬，致使后人对郑和远航的许多具体事实知之未详，专家学者各执一说，新论迭出，却难得定议。
谜之一，郑和远洋航行的目的是什么？说法各异。有的说，是奉成祖朱棣之命寻找建文帝，因为“靖难之役”后，建文帝朱允炆不知去向，朱棣怀疑他已逃亡西洋，为彻底去除建文帝卷土重来的可能，就派郑和下西洋寻找建文帝踪迹。有的学者指出，寻找建文帝作为郑和下西洋的附带任务是有可能的，但说是专程“追踪建文”，就不合情理了。有的提出，郑和下西洋是为“耀兵异域，示中国富强”，见《明史．郑和传》。近人梁启超说，下西洋是“雄主之野心，欲博怀柔远人、万国来同等虚誉”。尚钺《中国历史纲要》认为，郑和下西洋“大概是想联络印度等国抄袭帖木儿帝国的后方，牵制它的东侵”，从而保证明朝安全。有的认为，郑和下西洋以政治目的为主，欲造成万国来朝的盛世局面，稳固明朝政权，瓦解政敌势力。有的则说，是以经济目的为主，郑和远航既可满足明朝官方对外贸易上扩大市场的要求，又可沟通西洋大国对明朝的“朝贡贸易”，借此增加财源，弥补财政亏损。有的说，郑和下西洋有政治、经济双重目的。还有人说，郑和下西洋的目的有阶段性，前三次除为解决“疑建文帝亡海外”的问题之外，主要是和东南亚、南亚沿海诸国建立一种国际和平局势，后四次主要是向南亚以西的未知世界行进，开辟新航路，让海外远国“宾服中国”。
谜之二，郑和远洋航行所乘之宝船是在哪里造的？这有两种说法。一说是在南京，郑和下西洋的大部分宝船在南京龙江船厂造就。但有人指出，龙江船厂不靠近江边，又没有很大的船坞设备，无法建造大型海船。且明人著《龙江船厂志》中只字未提造郑和宝船之事，故宝船建造地不在龙江船厂。1957年，在南京中保村发现宝船舵杆，相传这里是明朝官船厂址，并据《郑和航海图》与万分之一比例尺南京地图核对，证实该地是宝船诞生地。另说宝船建造于福建泉州，因为泉州历来是造大船的地方，明初这里仍是造船基地。
谜之三，郑和下西洋宝船有多大？据《明史》记载：“造大舶，修四十四丈、广十八丈者六十二。”不少人认为，这个尺寸是可信的，宋代已能造出三四十丈长的大船，明代造这样的船在技术上和物质条件上都可行。最早记录宝船尺度的是马欢所著《瀛涯胜览》，这是马欢随郑和下西洋的忠实记录，较为可信。自然科学工作者分析宝船长宽比例，认为较大的船宽，有利于提高船体强度和航行稳定性。但有学者指出，《明史》所记宝船规格不可信，1947年《东方杂志》有《郑和--下西洋的船》一文，根据南京静海寺郑和下西洋残碑记载，说宝船长度应是十六丈六尺，宽二丈四尺三寸。李约瑟《中国科技发展史》估计，宝船的排水量为3 100吨左右。有的从航海与造船的角度分析，认为《明史》所记宝船长宽比过小，不适于航海和操纵，有的则称“十八丈”可能是“六丈”之误，即将“六”误写成“十八”两字。
谜之四，郑和几下西洋？大致有三种观点，一种观点认为，郑和七下西洋，否认有永乐二十二年奉旨下西洋之事，因为郑和在《通番事迹记》和《天妃之神灵应记》两块碑中，没有提及永乐二十二年下西洋之举；《明史》载永乐二十二年旧港之行的任务，是赐印与旧港酋长，此事似不应劳动位高年迈的郑和；永乐二十二年八月仁宗继位后，即下令罢西洋宝船，郑和在短短几个月内不可能完成至旧港的往返航程。第二种观点认为，郑和八下西洋，肯定有永乐二十二年下西洋之事，因为旧港赐印事关明廷威信，派位高年迈的郑和亲自前往，是完全可能的。第三种观点说，郑和八次奉使出海，七次下西洋，肯定永乐二十二年旧港之行的存在。但旧港在明人概念中属东洋，故郑和下西洋是七次。这样，郑和在记述西洋之行的《通番事迹记》和《天妃之神灵应记》两碑中，不提旧港之行，也就可以理解。
谜之五，郑和下西洋到过几个国家？郑和远洋航行路经印度支那半岛、印度尼西亚、印度半岛，一直到达非洲一些国家。至于郑和所率船队到过哪些国家，郑和本人亲自访问了哪些国家，至今仍未完全搞清楚。一般对此都含糊其词，说是三十多个国家，有人据国内外有关资料考证说有五十六处，有的据《明史·郑和传》载路经的三十七国考订，可考的三十五国，另有比刺、孙剌所在不详。
有关郑和的未解之谜还有不少，如：郑和是否到过日本？是否踏上过菲律宾的土地？郑和下西洋历史作用如何？郑和遗骨在哪里？等等。郑和下西洋是我国和世界历史上的大事，解开这些疑问意义重大。
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