全书共分为三篇十五章。第一篇为“概论”，全面回顾了国际国内航运生态环境保护的发展历程，梳理法律体系，分析了我国航运生态环境保护现状、问题，提出了应遵循的原则与发展展望。第二篇为“防止航运破坏生态环境”，从防止船舶载运污染危害性货物造成污染、防止船舶水环境污染、防止船舶大气环境污染、控制船舶温室气体排放、防止船舶噪声污染、防止船舶携带外来生物入侵等生态环境影响因子源项与影响对象展开讨论。第三篇为“船舶污染应急与法律责任”，阐述了船舶污染事故的定义、分类、等级划分与预防要求，讨论了船舶污染事故应急处置、污染损害赔偿制度，以行政与刑事法律责任为结束，形成了船舶源突发环境事件治理与责任追究技术与法律体系。