《云自在龛丛书》五集三十五种，刊于光绪间，主要收辑六朝、唐、宋、清代学者的著述，是一部以辑校古籍为主，又兼有搜奇集异、汇集从残特点的丛书。其中所收有些颇为罕见之佚书，如赵矢一《奉天录》为唐人旧笈，原书久亡，乾隆间四库馆臣从《永乐大典》辑出，但《四库全书》未收。后来徐松得到稿本，用活字印行，顾广圻曾校刊，由秦恩复刊行，因其流传罕见，缪氏收入丛书。缪氏校刻此书极为认真，一些书的质量高于前人所刊。如孙光宪《北梦琐言》纠正了不少《雅雨堂丛书》本的错误，并从《太平广记》辑出了四卷逸文。叶德辉曾称赞此书“多补刻故书阙文，亦单刻宋元旧本，虽《平津馆》《士礼居》不能过之，孙、黄复生，当把臂入林矣”，认为此书可与《平津馆丛书》《士礼居丛书》相提并论，孙星衍、黄丕烈如果复生，也要承认此书的价值。但《云自在龛丛书》刊成已过百年，线装原书不便翻检，因此据缪荃孙最终编订五集之本影印，以便学者利用。