本书共分为五章内容。第一章介绍定量构效关系，并针对选择性环氧合酶抑制剂开展三维定量构效关系研究实验。第二章以表皮生长因子受体酪氨酸激酶抑制剂为例，对基于药效团模型虚拟筛选进行了详细的讲解。第三章由七个独立的子实验组成，内容涵盖了点群计算、单电能计算、静电势表面计算等，以方便读者熟悉和掌握小分子的多种结构优化操作。第四章为分子对接，集中讲解了四种常用对接方法的实验操作，方便读者掌握不同对接方法的软件操作和结果分析。第五章以“普瑞巴林”和“MDM2-抑制剂复合物”为研究对象，对分子动力学模拟实验操作进行讲解。

第一章 定量构效关系(QSAR)
一、实验目的
二、实验要求
三、实验原理
1 比较分子力场分析方法(CoMFA)
2 比较分子相似性指数分析方法((CoMSIA)
四、实验内容
1 背景介绍
2 实验操作
【参考文献】
第二章 药效团模型
一、实验目的
二、实验要求
三、实验原理
1 药效团特征的种类
2 药效团模型的构建
3 基于药效团模型药物设计方法的应用
四、实验内容
1 背景介绍
2 实验操作
【参考文献】
第三章 结构优化
一、实验目的
二、实验要求
三、实验原理
四、实验内容
1 构建化合物并优化结构
2 保证水分子的C2v1点群
3 保证Ge6的Dh对称性计算
4 同分异构体的单点能计算
5 静电势表面ESF(Electrostatic potential surfaces)计算
6 观察分子振动
7 预测红外光谱和拉曼光谱
第四章 分子对接
一、实验目的
二、实验要求
三、实验原理
四、实验内容
1 LibDock对接方法及蛋白一配体相互作用的打分评价
2 CDOCKER和对接姿态分析
3 SYBYL软件的分子对接模块Smflex-Dock
4 MOE软件的分子对接模块I)ock
5 总结
【参考文献】
第五章 分子动力学模拟
一、实验目的
二、实验要求
三、实验原理
四、实验内容
1 普瑞巴林的溶剂化模型及分子动力学模拟
2 MIDM2一抑制剂复合物的分子动力学模拟
【参考文献】