本书主要介绍了高通量测序数据处理的实际操作技术，包括数据质量控制、基因组组装和注释、转录组分析、重测序分析和比较基因组分析等。从Linux系统安装开始，逐步讲解生物分析流程中各种相关生物信息学软件的安装和命令行使用方法。除介绍算法和软件的常规使用之外，还结合实际操作经验从深层次剖析它们的特点和优缺点，并针对不同情况给出有针对性的使用建议。因此，本书不仅适合生物信息学初学者，也很好适合有一定实际项目经验的中不错用户使用。

前言
1 安装CentoS 6 64位系统（x86_64）
2 Linux系统入门
3 高通量测序技术简介
4 高通量测序数据的质量控制
5 基因组de mpvp组装
6 基因组的简单特征分析
7 高通量测序数据比对
8 Variants分析
9 使用Trinity进行无参考基因组的转录组分析
10 有参考基因组的转录组分析
11 真核生物基因组基因预测
12 原核生物基因组注释与序列上传到NCBI
13 基因组的可视化
14 基因功能注释与富集分析
15 比较基因组分析
16 使用QIIME进行扩增子测序数据分析
参考文献