<合金弹头6>是一款经典的街机游戏，完美的移植，无任何限制，无限投币无限玩，专业的3键控制更流畅更尽兴。一颗来自外太空的陨石在地球上砸了个大坑，但是，这实际上不是陨石，而是艘外星人的太空船，它在冲击作用下穿透到地球深处，然后建起了巨大的地下基地。同时，正规军也因为怒队的加入而壮大了。有传言说Morden元帅又在搞什么名堂了，于是正规军小队即刻出击，发现叛军和火星人再一次结为联盟！火叛联军抓住了派遣的小队，但是火星人突然惊慌起来，因为另一个外星种族出现了，而且它们开始拐卖并且吃掉火星人，但是它们并没有伤害在场的人类叛军。有传言说正规军收到消息说叛军企图重建海底的Rootmars(3代最终BOSS)借此支配世界，但是真正的情况变成了Rootmars必须重建才能打败新的外星种族。然而，在重建过程中被敌方的外星种族发现了，叛军受到了攻击，最后只剩一半军力。此时Morden元帅不得不向正规军小队求助来重建Rootmars并且打败敌方的外星侵略者。