堂本一辉是著名的钢琴演奏家，两年前突然宣布不再演奏钢琴转而攻向管风琴，更斥资建造了堂本音乐厅，准备在落成之日举行演奏会。柯南等一行人，也受到了这位钢琴家的邀请。

然而在演奏会之前，堂本音乐学院的学生相继死去，先是爆炸案，后是单个被杀。连演奏会邀请的天才女高音歌唱家秋庭也开始遭遇到一系列的危险：润生茶被下药、遭遇空气枪袭击、试演会当天更遭击晕……

究竟是音乐学院的内鬼，还是凶手另有其人，他的目的为何？杀人动机又是什么？柯南究竟如何找到凶手，如何找到有力的证据，危险步步逼近……

柯南一行应邀参加由钢琴家建造的音乐厅的落成音乐会。但是，却发生了以音乐会的主演——天才女歌手为目标的事件！！

这和最近发生的原钢琴家学生接二连三被杀害的连续杀人事件有什么关系吗……

被演奏出的恶意的旋律，柯南能不能解读出它的曲谱呢？！