《清代西藏史研究》是作者赵云田研究清代西藏史的结晶。它在内容上分为如下几部分：一是清代西藏的管理机构；二是清代的藏传佛教政策；三是清代西藏的封爵；四是清末西藏新政；五是关于清代西藏的民族政策、金瓶掣签制度、一些重要的典籍和建筑等；六是清代西藏史研究的历史回顾；附录部分，以清实录及有关史料为线索，汇集了清代治理西藏的主要措施及相关事件。

《清代西藏史研究》从政治、宗教、社会、改革等多方面探讨了清代西藏的历史，以作者赵云田独有的视角，揭示了西藏是中国神圣领土不可分割的一部分，在学术上具有创新价值，在政治上亦有现实意义，对百年来的清代西藏史研究进行了全方位的梳理，尤其给人以借鉴和启发。

第一章　清代西藏的管理机构

 第一节　理藩院对西藏的治理

 第二节　驻藏大臣的设立

 第三节　清代西藏管理机构的历史作用

第二章　清代的藏传佛教政策

 第一节　清朝对藏传佛教政策的形成与演变

 第二节　清代的四大活佛

 第三节　章嘉活佛和清朝的藏传佛教政策

 第四节　哲布尊丹巴和清朝的藏传佛教政策

 第五节　四大活佛封号考述

第三章　清代西藏的封爵

 第一节　有关典籍中关于西藏封爵情况的记述

 第二节　《清史稿》等关于西藏封爵记述的缺误

 第三节　《清史稿》等未载的西藏封爵

第四章　清末西藏新政

 第一节　清末川边新政

 第二节　清末西藏新政

 第三节　清末西藏新政研究资料概述

 第四节　1978年以来的清末西藏新政研究

第五章　清代西藏史拾零

 第一节　清代“因俗而治”的民族政策

 第二节　清代的金瓶掣签制度

 第三节　清代拉萨和北京的双忠祠

 第四节　谛（第）巴奏章

 第五节　马吉符及其《藏牍劫余》

 第六节　关于乾隆朝内府抄本《理藩院则例》

 第七节　《清代治藏军事研究》

第六章　清代西藏史研究的历史回顾

 第一节　百年来的清代西藏史研究

 第二节　20世纪通史中的清史研究

 第三节　海峡两岸蒙古学藏学学者的首次交流

 第四节　清末中央对蒙藏施政研究

附录　清代治藏大事记

后记