清官配方档将成方分为16门：风痰、痰嗽、伤寒、暑湿、燥火、脾胃、眼目、疮科、妇科、小儿、补益、泻痢、咽喉口齿、气滞、痰症、杂治；陈可冀主编的《清宫配方集成》在此分类基础上，结合临床分科现状与需要，将泻痢门归入脾胃门，将痰症门归人风痰门，将咽喉口齿门分为咽喉、口齿两类，另增加瘟疫、伤科、耳鼻、肛肠、美容等类，共20类方。针对具体每个配方的归类采取的原则是，原来已归类的参照原方，未归类的编者根据功效主治纳入；由于关注点的不同，每个配方或可有不同归类法。

风痰方

痰嗽方

伤寒方

暑湿方

燥火方

脾胃方

气滞方

瘟疫方

眼科方

疮疡方

妇科方

儿科方

补益方

咽喉方

口齿方

耳鼻方

杂治方

伤科方

美容方

肛肠方

附录一：清宫配方考述及概论

附录二：清宫中成药的开发与研究

索引