二、组建兴浙会
章太炎与维新派的“蜜月期”并没有持续多久，很快章太炎与康有为的门徒就因为学术争端而分道扬镳。
事件的根本原因还在于康有为与章太炎分属今古文经学的拥趸。在章太炎看来，康有为的变法维新主张是值得肯定的，但其建立孔教的主张却令章太炎不敢苟同。康有为从他的今文经学思想出发，把孔子抬高为“托古改制”的天生圣人，将孔子圣化、神化，宣称要打倒“旧孔学”，建立“新孔学”。同时，康门弟子又将康有为吹捧为“南海圣人”，推其为孔教教主，引起了章太炎极大的反感。他反对用一种新的迷信去取代旧的信仰，也反对将孔子过度神化，他认为对待儒学不能如康有为那样主观臆想，而是要抱以实事求是的态度。章太炎的态度引起了部分康氏门徒的不满，以康有为弟子梁作霖为首的部分康门弟子在1897年的4月在《时务报》馆当众殴打章太炎。章太炎遂愤而离开《时务报》回到杭州。
回杭以后，章太炎居住在杭州横河桥北。1897年6月他与宋恕、陈虬等人联名发起成立了一个名为“兴浙会”的组织。
宋恕，字平子，号六斋，浙江平阳人。他于1892年曾上书李鸿章，并进呈其著作《六斋卑议》，他在晚清维新派中属激进者，力主设立议院，办西学，易西服等，在当时对章太炎等人产生了一定的影响。陈虬，字志三，号蛰庐，浙江乐清人，他与陈黻宸、宋恕合称为“东瓯三杰”，他在1893年出版《治平通议》，提出“欲图自强，首在变法”的主张，曾参与公车上书，筹建“保国会”等维新变法运动。
兴浙会创办了一份《经世报》，由章太炎担任总撰述。章太炎在《经世报》上发表了《变法箴言》等评论文章，同时又为兴浙会撰《兴浙会序》。他在序中极力推崇刘基、于谦、王守仁、黄宗羲、张苍水这五位英雄人物，号召以他们为榜样，他尤其赞颂刘基推翻元朝蒙古族统治，于谦击败蒙古瓦刺入侵，张苍水抵抗清兵的事迹，初步体现出了反清的思想。同时，在兴浙会的章程中也极力提倡学术研究，主张重视典章制度的研究，“大抵经以《周礼》、两戴纪为最要，由训诂通大义，足以致用；史以三史、《隋书》《新唐书》为最要，所谓五世之庙，可以观怪”。除传统文化外，还主张学习西学：“经世之学，日法后王。虽当代掌故，稍远者亦刍狗也。格致诸艺，专门名家。声、光、电、化，为用无限。”在章太炎的影响下，兴浙会成为一个政治和学术兼顾的维新运动团体。
创办兴浙会的同时，章太炎还在这一年8月成为《实学报》的主笔，发表了《后圣》《儒道》《儒兵》《儒法》《儒墨》《儒侠》《异术》等文章，通过儒家与诸子的对比，反对康有为等人罢黜百家、独尊儒术的主张。
《兴浙会序》与《兴浙会章程》中的激进主张引起了会内会外一些人的不安，他们联合起来要求改订具有部分反清色彩的章程，最终，兴浙会变成了一个单纯的学会。章太炎亦愤然退出《经世报》馆与兴浙会。
1897年末，德国入侵山东，强占胶州湾，列强掀起瓜分狂潮，民族危机进一步加深。离开兴浙会后章太炎在1898年初上书李鸿章，建议主动将威海卫租借给日本，又建议广泛聘请日本学者、技术人员为中方顾问，联合日本以对抗德、俄。不能不说此时章太炎的思想仍未能脱出“亚细亚主义”的窠臼，正热衷于亲俄的李鸿章自然也不会对这一建议有兴趣，上书石沉大海。
继而章太炎又将希望转而寄托在另一名洋务大员湖广总督张之洞身上，他应张之洞邀请前往湖北主办《正学报》。但在武昌，他很快发现自己和张之洞及其幕僚梁鼎芬等在学术理念、政治思想上都有很大的分歧。章太炎在鄂不过一月有余，便被逐离去。
1898年6月，光绪皇帝发布《明定国是诏》，正式开始维新变法，康有为、梁启超等变法派在光绪皇帝的支持下试图大展身手，不幸变法只持续了短短三个月。9月，在慈禧太后的策划下，保守派发动政变，幽禁光绪，康梁出逃。谭嗣同、刘光第、杨深秀、杨锐、康广仁、林旭六君子被处决。章太炎是时应汪康年之邀为《昌言报》主笔，闻讯写下了《祭维新六贤文》，“惟我六贤，直言以抵，宁不惧咥，固忘生死”，歌颂了维新六君子的牺牲精神，抨击了清廷扼杀变法的行径。
维新变法的失败亦令章太炎陷入危险，在接到清廷通缉报馆主笔的消息以后，章太炎不得不流亡到日本占领下的台湾，开始了羁旅生涯。他同时也开始对自己投身的维新变法运动进行深刻的反思，进一步寻求救亡图存的道路。
三、快刀除辫发
1900年，由于19世纪末频繁爆发的“教案”而引发的义和团运动兴起，这种以民间结社为主要组织形式并以传统迷信为精神武器的农民运动很快从山东半岛发展到了天津和京城一带。同年6月，以德国驻华公使克林德被杀事件为导火线，清廷向列强宣战，继而英、法、美、日、俄、德等列强组成八国联军侵华。以慈禧太后为首的清政府驱使义和团进攻东交民巷使馆区等外国人聚居点，而东南各省的督抚李鸿章、刘坤一等人则宣布“东南互保”，拒绝加入清廷与列强的战争中。
这一幕对章太炎又产生了很大的影响。是时，孙中山领导的兴中会在两广积极推动反清革命，引起了章太炎的注意，章太炎的思想又进一步趋向反清。同年7月，八国联军攻克天津。在南方，唐才常等人组织“自立军”，积极筹备另建南方政府，并于该月在上海成立“中国议会”，推举容闳为会长，严复为副会长。会议决定拥戴光绪皇帝，以“勤王”为宗旨。章太炎虽十分欣赏唐才常，但对“中国议会”的保皇主张颇为不满，他表示：“果欲勤王，则余与诸君异趣也。”
8月，章太炎毅然剪去了自己脑后的长辫，这一举动象征着他与清王朝彻底决裂。章太炎自己写了一篇《剪辫发说》，他写道：“支那总发之俗，四千年无变更。满洲人，始鬄其四周，交发于项，下及髋髀……其后习夷俗久，鬣鬓垂形。以为当然，无所怪愕……庚子秋七月，余年三十三矣，是时满洲政府不道，戕虐贤骏，横挑强邻，戮使掠贾，四维交攻，愤东胡之无状，汉族之不得志，陨涕涔涔……会执友以欧罗巴冠带至，乃急断发易服。”
剪辫发的举动引起了周围不少人的侧目，但章太炎并未因此退却，他将《剪辫发说》并一封致孙中山的信一并寄给了正在海外的孙中山，发表于革命党人在香港刊行的《中国旬报》上。
唐才常的自立军很快为清政府所镇压，唐才常等二十多人被捕牺牲。这一事件令章太炎更意识到推翻清廷才能挽救民族危亡。清廷四处通缉包括章太炎在内的与“中国议会”有关系者，章太炎在1901年初避居上海，住在吴君遂宅中。是年，梁启超于《清议报》上发表《中国近十年史论》，又称《中国积弱溯源论》，文中将中国积弱之根源，主要归因于慈禧太后近三十年的统治，他主张国民起而推翻慈禧太后，拥戴光绪皇帝重新掌权。章太炎在阅读该文以后，立刻提笔写了一篇《正仇满论》作为反驳，他指出光绪支持变法，不过是为保护自身权位，以变法为对抗后党之工具，光绪本质上必然代表满洲贵族的群体利益。“彼其为私，则不欲变法矣；彼其为公，则亦不能变法矣”。
同时他指出“凡一国专制之主，而欲立之权限勿使自恣者，必有国会、议院以遏其雷霆万钧之势者也，而是二者皆起于民权，非一人之所能立”。他认为国会和民权都是要依靠革命力量去争取的，而不能如保皇派一样将希望单纯寄托于光绪皇帝一人身上。
章太炎的反清论调引起了清政府地方当局的注意，湖广总督张之洞、两江总督刘坤一等封疆大吏决定逮捕章太炎。时在苏州东吴大学任教的章太炎闻讯，于1902年2月前往上海，乘船东渡日本，2月28日抵达日本横滨。
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