根据对中医哲学研究对象的把握，《中医哲学史(第1卷)》中，作者程雅君认为这门学科的研究内容主要包括以下四个方面：中华医道中的生命观、本体观、认识论、方法论、医学伦理思想等哲学性内容；中华医道与儒、道、释等各派中国哲学的关系；中医哲学与西医哲学之比较；中医哲学对未来科学技术发展的影响。

程雅君编著的《中医哲学史(第1卷)》是中医哲学的奠基时期，在这个时期，中国哲学与中医学的彼此渗透是非常明显的，突出表现在不仅仅哲学促进了医学体系的形成，也体现于医学实践对哲学思想的转型效应。应该说，先秦两汉各家哲学思想对中医学都有所影响，仅仅是角度不同，程度不同，深度不同。也可以说，医学的发展对哲学有必然的积极推动作用，这是由医学的科学性决定的。医学的科学性决定了医学之发展能够促使哲学之反思，这种“反思”对哲学是大有裨益甚至是不可阙如的。重视医理与哲理的通透、通达是《中医哲学史(第1卷)》的特色所在。医哲汇通，医道圆融，是中医哲学研究之要旨。

序一

序二

第一章 哲学的萌芽和医学的起源

医学缘从实践起 哲人却自贯通来

 第一节 原始人类及其卫生活动

一 原始人类的体质和健康状况

二 原始人类生活方式的演进与医药卫生

三 生产工具与医疗器具

四 药物的发现和使用

五 医疗技术的创造与发明

六 传说中的医学人物

 第二节 原始宗教、神话传说与中医学

一 原始宗教与中医学

二 神话传说与中医学

三 哲学的萌芽与医学的起源——从巫医流变辨析之

 第三节 朴素辩证法与中医学——阴阳学说对医学的渗透

一 阴阳学说与朴素辩证法

二 阴阳学说对医学的渗透

 第四节 唯物自然观与中医学——五行学说与中医学的结合

一 五行学说与唯物自然观

二 五行学说与中医学的结合

三 五行运用

 第五节 无神论的萌芽与中医学——精气神的生命观

一 无神论观念的兴起

二 无神论对中医学的影响：精气神生命观的确立

第二章 先秦医学实践的积累和哲学诸家的争鸣

第三章 《周易》和中医学

第四章 道家与中医学

第五章 儒家与中医学

第六章 墨家名家与中医学

第七章 法家兵家与医学

第八章 阴阳家、杂家、无神论思想家与中医学

第九章 秦汉哲学对医学的渗透和医学理论体系的形成

第十章 《黄帝内径》与中国哲学

第十一章 《神农本草经》等与中国哲学

第十二章 《伤寒杂病论》与中国哲学

第十三章 养生学说：哲学家、医学家、医学家交融之典范

第十四章 运气学说：哲学家、医学家运筹之霓裳

第十五章 中医特色与优势的哲学研究