本书共分29个章节，主要对结构生物信息学的基础知识作了介绍，具体内容包括蛋白质结构基础原理、PRoTEIN DATA BANK、识别蛋白质中的结构域、结构信息学与药物发现、CASP和CAFASP实验及其发现等。该书可供各大专院校作为教材使用，也可供从事相关工作的人员作为参考用书使用。

第1部分 简介

 第1章 定义生物信息学与结构生物信息学

 第2章 蛋白质结构基础原理

 第3章 DNA和RNA结构基础原理

 第4章 高通量结晶技术与高分子结构解析中的计算技术

 第5章 生物大分子结构解析与NMR波谱技术

 第6章 电镜

 第7章 分子图形学

第2部分 数据描述和数据库

 第8章 PDB、mmCIF及其他数据格式

 第9章 PRoTEIN DATA BANK

 第10章 核酸数据库

 第11章 其他基于结构的数据库

第3部分 比较特征

 第12章 蛋白质结构进化和SCOP数据库

 第13章 CATH数据库

 第14章 结构质量验证

 第15章 全原子接触：一个确认结构的新方法

 第16章 结构比较与比对

第4部分 结构和功能测定

 第17章 二级结构测定

 第18章 识别蛋白质中的结构域

 第19章 从蛋白质结构推测其功能

第5部分 蛋白质相互作用

 第20章 从进化信息预测蛋白质-蛋白质相互作用

 第21章 静电相互作用

第6部分 作为药物靶标的蛋白质

 第22章 对接的原理、方法及配体设计

 第23章 结构信息学与药物发现

第7部分 结构预测

 第24章 CASP和CAFASP实验及其发现

 第25章 同源建模

 第26章 折叠类型识别方法

 第27章 从头预测方法

第8部分 未来

 第28章 一维预测：二级结构、跨膜螺旋以及溶剂可及性

 第29章 结构基因组