本书共包括四个部分。第一部分介绍了计算机软件在核酸序列分析中的应用，主要包括序列格式转换、结构功能分析、克隆与引物设计等；第二部分介绍了计算机软件在蛋白质序列分析中的应用，主要包括理化性质分析、结构预测、三维分子显示等；第三部分介绍了计算机软件在序列比对中的应用，包括BLAST、本地BLAST、多序列两两比对与进化树分析等；第四部分介绍了计算机软件在文献管理与引用中的应用，主要包括文献管理、参考文献的引用等。

本书主要面向生物、医学专业的研究生、高年级本科生，以及相关专业的其他研究人员。

  第一部分 核酸序列分析

1 序列检索与格式转换

 1．1序列检索

 1．2序列格式简介

 1．3格式转换

2 一级结构分析

 2．1组成成分分析

 2．2重复序列

 2．3序列变换

3 克隆

 3．1酶切位点查找

 3．2模拟电泳

 3．3电泳图像分析

 3．4质粒绘图

 3．5克隆策略与过程显示

4 引物设计

 4．1引物设计的基本原则

 4．2引物设计与分析

 4．3高通量引物与探针设计

5 测序拼装

 5．1测序图分析

 5．2测序拼装

6 DNA功能分析

 6．1 ORF查找与翻译

 6．2 Motif查找

7 RNA二级结构预测

 7．1 RNAstructure

 7．2 RNAdraw

 7．3 DNAstar 

 第二部分 蛋白质序列分析

1 理化性质分析

 1．1蛋白酶酶切特性

 1．2滴定曲线与等电点

 1．3亲水性和疏水性

 1．4电荷密度

2 二级结构预测

 2．1 DNAstar 

 2．2 Vector NTI Advance

 2．3 ANTHEPR()T

3 其他特殊局部结构分析

 3．1膜蛋白的跨膜螺旋

 3．2信号肽

 3．3卷曲螺旋

 3．4抗原决定簇

4 三维分子显示

 4．1 RasMol

 4．2 Vector NTI Advance

 4．3 Cn3D

 第三部分 序列比对及进化树

1 BLAST

 1．1 BLAST简介

 1．2 BLAST、实践

 1．3 BLAST、高级选项

2 本地BLAKI

3 多序列之间的两两比对与进化树分析

 3．1 C1ustalX

 3．2 DNAstar

 3．3 Vector NTI Advance

 3．4 PLYLIP 

 第四部分 文献管理与引用

1 文献管理

 1．1 Reference Manager

 1．2 EndINote 

 1．3 NoteExpress

 1．4全文查找

2 在Word中引用文献

 2．1 Reference Manager

 2．2 EndNote 

 2．3 NoteExpress

附录1 软件简介

附录2 参考文献