时代变了，故事也变，但是年少时候的英雄梦想与超酷的神龟魅力没有变。新版神龟以燎原之势一路从美国烧到了大洋彼岸，又从电视媒体蔓延到了图书界，一发而不可收拾。

铁面人更名为施莱德回来了，他要一洗前耻向神龟们报仇！……重新回到纽约的神龟们面临着与施莱德的最后决战，这将是一场生与死的战斗……

神龟们为了躲避大脚忍者的搜寻，暂住到了埃菲尔的家中。多纳泰罗认识了埃菲尔的房客科比。科比有一块水晶，可以使他画的东西变成活的。后来，多纳泰罗和科比通过一扇画出来的门进入了一个神奇的世界。这个世界里的所有生物都出自于科比的笔下，事情开始变得越来越神奇了……  神龟们为了躲避大脚忍者的搜捕，在埃菲尔家里过着百无聊赖的生活。一天，达芬奇独自外出打探消息，却遭到大脚忍者的轮番追杀。斯普林特老师和其他的神龟在家里焦急万分地等待达芬奇回来，但最终等来的却是…… 

 铁面人沙迪达洛改名为施莱德，他要一洗前耻向神龟们报仇!在施莱德和他的忍者护卫队强大的攻击面前，神龟们疲惫不堪，一边要杀退不断涌来的敌人，一边要照顾昏迷不醒的达芬奇，形势越来越危急了。凯西的及时出现暂时缓解了危机，但四面受敌的神龟们能够全身而退吗?生与死，只在一线之隔……