为了解救参加游戏的50名孩子的性命，柯南他们进入了100年前的伦敦的假想空间，在那里他们要挑战莫里亚提教授和开膛手杰克。朋友们一个接一个地倒下了。柯南能解开所有的谜团，挽救大家的性命吗？

另外，号称要日本重新来过的“诺亚方舟”的真正目的到底是什么……

柯南他们少年侦探团受到邀请来到了米花市政大厦参加新型游戏机的面世发表会。这种游戏机的名字叫做[茧]，是日本的游戏机厂商和美国的大型企业辛多拉公司共同开发的。参加游戏者在蚕茧形状的游戏舱里进入睡眠状态，然后在虚拟世界里游戏，因此游戏机的名字被定名为[茧]。此次发表的[茧]当中的虚拟世界一共分为五个舞台，都是以历史上的真实事件为原型的。宴会大厅里人头攒动，都在等待发表的那一瞬问。在众人的注目当中隆重登场的是此游戏的开发者辛多拉公司的社长托马斯·辛多拉。托马斯·辛多拉是IT产业界的巨擘，是在此领域拥有巨大权力的人物。

但是在此权力的阴影之下有一个少年牺牲者。少年的名字叫泽田弘树。辛多拉将这位天才少年招致麾下，但不知道是否是因为过度工作，少年在研究中谜一般地自杀了……