《汤液本草》上卷总论部分包括5篇药论，它们分别是：五脏苦欲补泻药味篇，说明药的性味与人体脏腑的关系；脏腑泻篇，列举针对不同脏腑而能泻其火的药物；东垣先生《药类法象》篇，结合药物阴阳、气味厚薄、升降浮沉补泻等特性对李东垣的药学观点进行发挥；东垣先生《用药心法》篇，阐述李东垣针对不同病症所用药物及其效用，以及药物归经和炮制等心法；海藏老人《汤液本草》篇，论述了王好古本人的用药心得比如“五宜”“五伤”“七方”“十剂”等。中下卷详细记录了242种药物的性味功用，他将这些药物归纳分为草、木、果、菜、米谷、玉石、禽、兽、虫九部分别进行阐述，主要引自李东垣《药类法象》《用药心法》，张元素的《珍珠囊》，寇宗奭的《本草衍义》及《本草经》等，并结合王好古的临床经验撰录而成，反映了金元时期药物学理论发展的成就。

卷上
五脏苦欲补泻药味
脏腑泻
东垣先生《药类法象》
用药法象
药性要旨
升降者天地之气交
用药升降浮沉补泻法
五味所用
药类法象
标本阴阳论
五方之正气味(制方用药附)
东垣先生《用药心法》
随证治病药品
用药凡例
东垣报使
诸经向导
制方之法
用药各定分两
用药酒洗曝干
用药根梢身例
用丸散药例
升合分两
君臣佐使法
治法纲要
药味专精
汤药煎造
古人服药活法
古人服药有法
察病轻重
海藏老人《汤液本草》
五宜
五伤
五走
服药可慎
论药所主
天地生物有厚薄堪用不堪用
气味生成流布
七方
十剂
卷中
草部
防风
升麻
羌活
独活
柴胡
……
卷下