本书主要涉及生物信息数据库、序列比对、分子系统发育分析、基因组学与基因预测、蛋白质结构与功能预测、转录组与蛋白质组分析以及Perl语言在生物信息学中的应用等内容，力求使读者全面了解和掌握生物信息学领域的重要基础知识与基本操作技能。本书可用作全国农林院校生命科学各专业相关课程的教材。同时，也供有关科研人员参考使用。

前言
1绪论 1
1.1生物信息学的历史 1
1.2生物信息学的应用 7
1.3生物信息学与其他学科的关系 8
2生物数据库介绍 11
2.1序列数据库 11
2.2基因组数据库 21
2.3结构数据库 22
2.4功能数据库 24
2.5其他数据库资源 25
3序列比对 27
3.1概述 27
3.2序列比对的得分系统 29
3.3两条序列比对方法 38
3.4多条序列比对方法 48
4生物信息学常用概率统计学方法简介 59
4.1概述 59
4.2序列对位显著性检验 69
4.3贝叶斯统计在序列对位中的应用 78
5数据库搜索 83
5.1数据库检索 83
5.2数据库搜索相似序列 93
5.3序列提交 105
6分子系统发育分析 112
6.1系统发育与系统发育树 112
6.2距离法 115
6.3*大简约法 120
6.4极大似然法 122
7基因组学与基因预测 124
7.1引言 124
7.2基因组测序技术及序列组装 128
7.3功能基因组学 130
7.4比较基因组学 145
8蛋白质结构与功能预测 151
8.1蛋白质结构简介 151
8.2蛋白质三维结构分类及蛋白质家族 161
8.3三维结构比对 167
8.4蛋白质基本性质预测 170
8.5蛋白质二级结构预测 173
8.6蛋白质高级结构预测 177
8.7蛋白质互作分析 185
8.8药物发现与设计 192
9转录组与蛋白质组分析 198
9.1转录组与基因芯片简介 198
9.2基因芯片数据采集与分析 203
9.3蛋白质组简介213
9.4双向凝胶电泳数据分析 216
9.5蛋白质质谱数据分析 225
10Per1语言在生物信息学中的应用 240
10.1Per1简介 241
10.2数据结构和程序控制 243
10.3编写生物信息学应用程序 254
10.4BioPer1应用 261