本书涵盖了新疆额尔齐斯河流域、准噶尔内流区、中亚（伊犁河、额敏河）内流区、塔里木河内流区四大水系的水环境功能区划；区划对象包括1478条河流、228条干渠、80个湖泊及288座水库，共划分了2653个功能区，覆盖了新疆绝大多数的河流、湖库和主要的引水干渠；适用于新疆地表水水体环境监督管理、建设项目环境管理、水污染物总量控制与排污许可证管理、地方水环境保护目标考核、地方经济发展产业布局等。

1 全区水环境概况
1.1 自然条件与社会经济概况
1.2 地表水资源分布状况
1.3 水资源开发利用现状
1.4 水环境质量状况
1.5 主要污染物排放情况
1.6 新疆水功能区达标情况
1.7 水质管理目标
1.8 主要水生态环境问题
2 水环境功能区划体系
2.1 目的和意义
2.2 划分原则
2.3 划分依据
2.4 区划范围
2.5 水环境功能区划类型
2.6 水环境功能区划方法
3 水环境功能区划结果
3.1 水环境功能区划总体划分结果
3.2 河流水环境功能区划分情况
3.3 干渠水环境功能区划分情况
3.4 湖泊水环境功能区划分情况
3.5 水库水环境功能区划分情况
4 主要水系水环境功能区划分情况
4.1 水系分片功能区划分情况
4.2 主要水系功能区划分情况
5 问题和建议
参考资料
附录
附表1 新疆水环境功能区划表——河渠
附表2 新疆水环境功能区划表——湖泊
附表3 新疆水环境功能区划表——水库
附图 新疆水环境功能区划图