本书共设计了10个实验。第一章为绪论，主要介绍生物信息学发展的历史及在未来生命科学研究中的作用；第二章介绍常用的生物信息学数据库，重点讲述核酸序列数据库、蛋白质序列数据库和蛋白质结构数据库以及典型数据库的格式和使用方法；第三章主要介绍数据检索的原理及方法；第四章主要介绍核酸和蛋白质序列的比对方法及应用，着重讲述双序列比对的原理和常用工具；第五章和第六章主要介绍多序列比对的原理和常用工具，包括Clustal工具及利用Mega软件进行系谱分析；第七章和第八章主要介绍基因组注释及基因结构分析的主要内容、方法及工具；第九章和第十章则分别介绍从蛋白质序列分析其基本理化性质、结构和功能的方法及其在研究中的应用；第十一章主要介绍核酸序列的分析，包括核酸序列的拼接及编辑，设计引物及克隆软件等。

第一章 绪论
第二章 生物信息数据库与软件搜索
第三章 数据库的检索
第四章 利用BLAST进行序列相似性比对
第五章 多序列对位排列——Clustal分析
第六章 分子进化分析——系统进化树的构建
第七章 基因预测
第八章 基因精细结构的预测
第九章 蛋白质一级结构的预测
第十章 蛋白质高级结构的预测
第十一章 核酸序列的其他分析