《细菌世界历险记》向孩子们展示了一个显微镜下的世界，分为科学童话、科学小品和科学趣谈三部分。科学童话为菌儿自传，讲述在人体不同器官中细菌的不同种类，及其对人体的害处和益处；科学小品包含了细菌的衣食住行、细菌的形态等篇章，主要介绍细菌与人类的关系；科学趣谈主要介绍一些有趣的科学现象、原理等。

科学童话：菌儿自传
我的名称
我的籍贯
我的家庭生活
无情的火
水国纪游
生计问题
呼吸道的探险
肺港之役
消化道的占领
土壤革命
经济关系
科学小品：细菌与人
人身三流
色——谈色盲
声——爆竹声中话耳鼓
香——谈气味
味——说吃苦
触——清洁的标准
细菌的衣食住行
细菌的大菜馆
细菌的形态
细菌的祖宗——生物的三元论
科学趣谈：细胞的不死精神
细胞的不死精神
新陈代谢中蛋白质的三种使命
民主的纤毛细胞
灰尘的旅行