《南京佛教通史》全书共分三卷四册，逾250万字，上启六朝时期，下至明清民国，以时间先后为序，系统叙述了佛教在南京地区近两千年的发展历史。编写者鉴于佛教思想义理的发展变化与各个时代的政治经济条件和思想文化背景关系十分密切，在书中除了叙述佛教思想、宗派的发展脉络之外，对佛教与各个时代的王朝政治、佛教政策、社会经济和文化背景等进行了较全面、深入的揭示和论述。另外，由于佛教寺院和佛教文化艺术在南京佛教史上一直占有十分重要的地位，本书还按三个发展时期（即六朝、隋唐宋元和明清民国）分别列有专章，力求以较翔实的史料和更宽广的视野，多视角、多层面地再现南京佛教的全貌和发展历程。

六朝卷
隋唐宋元卷
明清民国卷 上
明清民国卷 下

南京作为中国东南文化重镇，包括佛教在内的各类传统思想文化在当地拥有悠久的历史及丰富的遗存。本书把南京佛教放到整个中国传统文化的大背景下去进行考察、分析与论述，在系统梳理南京佛教的历史发展脉络同时，注意揭示南京佛教与当时社会条件、文化背景的相互关系，侧重从学术的角度去梳理南京佛教文化的历史发展。在阐释南京佛教义理、思想时，注重其与中国本土思想文化之间的相互关系，在佛教中国化的大框架里去探讨南京佛教文化如何成为中国传统思想文化的一个重要组成部分。同时，南京佛教文化中自身固有的十分丰富的文化艺术内涵，亦成为本书的重要组成部分，使得本书的编纂、出版，对于发掘、整理南京的传统文化和推动南京新文化的建设，都将具有十分重要的意义。