《四圣心源》阐发《内经》、《难经》、《伤寒论》、《金匮要略》诸书蕴义。是一部包括中医基本理论和部分临床医学的综合性著作。黄元御按自己的"之"字治学方法，从黄帝、岐伯、张仲景和秦越人的医学观点出发，撰写一部进一步阐明《伤寒论》内在含义的著作。他的学术思想源于"四圣"，对脏府病理、生理的认识，重视脾胃中气的升降合宜。他指出:"人与天地相参也。阴阳肇基，有祖气，祖气者，人之太极也。"他认为脏气的升降功能都取决于中气，因此，主张"中气之治"。

卷一
天人解
阴阳变化
五行生克
脏腑生成
气血原本
精神化生
形体结聚
五官开窍
五气分主
五味根原
五情缘起
精华滋生
糟粕传导
经脉起止
奇经部次
营气运行
卫气出入
卷二
六气解
六气名目
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