章 绪论
节 新药开发的基本途径和方法
第二节 计算机辅助药物设计的常用研究方法
第三节 计算机辅助药物设计的常用软件
第四节 近年来CADD在药物设计中的应用实例
参考文献
第二章 计算机辅助药物设计的相关基础
节 计算机辅助药物设计的生命科学基础
第二节 计算机辅助药物设计的药学基础
第三节 计算机辅助药物设计的Linux基础
参考文献
第三章 常用数据库和基础软件的使用
节 药物设计常用数据库
第二节 药物和靶点的三维结构显示及绘制软件
第三节 EndNote文献管理
参考文献
第四章 基于配体的药物分子设计
节 定量构效关系（QSAR）
第二节 药效团模型
参考文献
第五章 基于受体的药物分子设计
节 分子对接的原理和分类
第二节 分子对接的搜索算法
第三节 分子对接的打分函数
第四节 分子对接的操作流程
第五节 分子对接实例
第六节 虚拟筛选实例
参考文献
第六章 蛋白质结构预测及全新药物设计
节 同源建模
第二节 同源模建实例
第三节 蛋白质结合位点预测
第四节 全新药物设计方法
参考文献
第七章 分子动力学模拟
节 分子动力学模拟的原理
第二节 恒温恒压分子动力学模拟与溶剂模型
第三节 分子动力学模拟的主要步骤
第四节 分子动力学模拟应用实例
参考文献
第八章 结合自由能的计算
节 生物大分子体系结合自由能研究的背景及意义
第二节 结合自由能计算方法
第三节 基于MM/PBSA自由能算法的操作实例
第四节 自由能计算实例
参考文献
第九章 药物靶点的构象分析
节 药物靶点基础
第二节 粗粒化模型
第三节 自由能曲面
第四节 聚类分析
第五节 自由能曲面和聚类分析实例
第六节 ProDy使用
参考文献
第十章 药物设计常用的数值分析
节 相关和回归分析
第二节 ROC曲线
第三节 基于贝叶斯分类的类药性预测
第四节 Matlab在药物设计中的应用
参考文献
附录 常用Linux计算软件的安装
中英文对照索引
附图

《计算机辅助药物设计理论及应用》主要介绍了与计算机辅助药物设计相关的基础理论和实例操作，内容涉生物化学，常用的数据库和基础软件，QSAR，药效团，分子对接，虚拟筛选，同源模建，结合自由能和能量分解，粗粒化，自由能曲面等。重在帮助学生简单理解本学科的基本原理，然后从实验操作入手，快速的掌握相关软件的使用方法。从分子层次上理解蛋白质的结构-功能关系和运动性质，培养学生利用计算机技术解决和药物有关问题的能力，并激发学生的科研兴趣。《计算机辅助药物设计入门教程》可供从事计算化学，药物研发的科研工作者使用，也可作为药物和计算机专业本科生、研究生的教材。