火部第五卷
火部29种
阳火、阴火《本草纲目》
燧火《本草纲目》
桑柴火《本草纲目》
炭火《本草纲目》
煤火《医林纂要探源》
艾火《本草纲目》
芦竹火《本草纲目》
藤火、匏火《本草纲目拾遗》
荷梗火《本草纲目拾遗》
稻麦穗火姚氏《食物本草》
松柴火姚氏《食物本草》
栎柴火姚氏《食物本草》
茅柴火姚氏《食物本草》
马矢煴《医林纂要探源》
荆柴火《医林纂要探源》
火针《本草纲目》
神针火《本草纲目》
阳燧锭《本草纲目拾遗》
灯火《本草纲目》
神灯火《本草纲目拾遗》
灯花《本草拾遗》
烛烬《本草纲目》
烟草《本草汇言》
石油火《本草纲目拾遗》
猬油火、鱼膏火《本草纲目拾遗》
烧酒火《本草纲目拾遗》
丹药火《本草纲目拾遗》
蓬莱火《本草纲目拾遗》
火罐气《本草纲目拾遗》
水部第六卷
水之一 天水类15种
雨水《本草拾遗》
潦水《本草纲目》
梅雨水《本草拾遗》
白云《本草纲目拾遗》
露水《本草拾遗》
繁露水《本草拾遗》
甘露《本草拾遗》
明水《本草拾遗》
冬霜《本草拾遗》
腊雪《嘉韦占本草》
雹《本草拾遗》
夏冰《本草拾遗》
半天河《别录》
神水《本草纲目》
屋漏水《本草拾遗》
水之二 地水类41种
池沼水姚氏《食物本草》
流水《本草拾遗》
名水姚氏《食物本草》
……
土部第七卷
金石部第八卷
金石部第九卷

本书自1578年成书以来，至清末又历300多年。这300多年中产生的大批药学文献尚无系统整理研究。此外，李时珍未见或近现代浮现的医药古籍甚多，其中也有丰富的药物知识。为进一步提高发扬《本草纲目》所开启的事业，本项目拟将《纲目》所未收(截止到1911年前)的药学资料按《纲