在内藤湖南的日本文化研究中，他始终把中国文化与日本文化的关系放在最重要的位置，认为日本文化与中国文化有着深厚的渊源，日本文化是在中国文化的影响下发展起来的。 收入《日本文化史研究》的文章均译自《内藤湖南全集》（筑摩书房1969年版），多为作者在不同时期、不同场合的演讲稿，主题涉及神社、香道、城市、风景观、文学、绘画等多方面。

何谓日本文化(一)
何谓日本文化(二)
日本远古时代的状态
近畿地区的神社
圣德太子
弘法大师的文学艺术
平安时代的汉文学
日本的肖像画与镰仓时代
日本文化的独立
关于应仁之乱
大阪的町人与学问
关于维新史的资料
关于飞鸟时代中国文化的传入
关于古抄本《日本书纪》
唐代文化与天平文化
关于香料的原产地
日本国民的文化素质
日本文化的独立与普通教育
日本风景观
朝鲜攻守的形势
唐朝文化与天平文化
正仓院的书道
空海的书法
同智证大师相关的文牍及其书法
附录
关于日本南画的鉴赏
古代中国贸易与丝织物
倭面土国
关于九州古坟之瞥见
《日本美术史》序
《日本古建筑菁华》序
卑弥呼考