《新疆历史论衡》是《中国西北边疆研究丛书》中的一本，是作者苗普生的论文选集。主要内容分为三个部分：第一部分就新疆历史发展及研究概况进行了系统性回顾；第二部分以新疆历史的具体史实为研究中心，不局限于一朝一代，上至两汉时期的匈奴，下至辛亥革命时期新伊大都督的民族政策；第三部分主要研究清代新疆的资源开发和地方史志文献资料。

历史发展总论
为正确阐明新疆历史而努力——40年来新疆地方史研究的回顾
继往开来，不断开创新疆历史研究的新局面——庆祝新疆社会科学院历史研究所成立40周年
新疆历史研究需要阐明的几个问题
历史发展的必然——论新疆统一于祖国的历史进程
新疆在中国统一的多民族国家形成、发展和巩固过程中的历史地位
论历史上的新疆民族关系
文化认同：新疆历次动乱的深层次原因及历代应对之策
民族历史研究
匈奴统治西域述论
匈奴日逐王考
略论东汉三绝三通西域
北魏鄯善镇、焉耆镇考
塔里木盆地边缘地区的民族融合和维吾尔族的形成与发展
伯克制度
清代维吾尔族人口考述
关于清代的多浪维吾尔人
“伊萨克事件”始末
关于清朝政府对新疆伊斯兰教政策中的几个问题
略论清朝政府对布鲁特的统治
新伊大都督府的民族政策初探——兼论辛亥革命时期新疆的各民族关系
资源开发与地方志文献研究
清代前期新疆矿产资源的开发和利用
清代后期新疆矿产资源的开发和利用
新疆乡土志浅说
《中国西北文献丛书·二编》前言
新疆方志概述——《中国西北文献丛书·二编》第一辑前言
《编年史》评介
《和卓传》《大和卓传》评介
《塔兰奇史》评介
《伊米德史》评介