《合金弹头GBA》除了保留原本作品的要素之外，还新增了'Metal Slug Card'系统，可以利用各种卡片变换游戏角色状态，来帮助玩家突破难关。而游戏中的卡片将超过 100 种以上，除了可以拿来使用之外，还兼具收集的乐趣。