马里奥与路易rpg是玩法很特别的RPG游戏，比以前的马里奥RPG，战斗系统有了翻天覆地的变化，玩家可以在战斗中利用手动来控制角色攻击和躲避，看准时机攻击和躲避，可以给敌人大伤害和躲避并反击敌人的攻击。在游戏中，A键控制马里奥，B键控制路易，随着剧情发展，两人还会学到新技能来攻关，并取得新道具锤子和魔法手来学新技能。
在战斗中，玩家可以使用两人协力攻击，会消耗BP值，只要看准时机按相应键来给敌人巨大伤害，高难度下没有按键提示但消耗BP值小，使用熟练后可以领略“进化攻击”，攻击得以强化，可以使用低难度下来熟悉“进化攻击”。
在战斗中，A键控制马里奥，B键控制路易，玩家要看敌人的攻击前的提示，来控制马里奥或路易来躲避。在非战斗中直接踩到敌人后进入战斗模式敌人全体受到伤害，在非战斗中用锤子攻击敌人，可以有一定概率使敌人晕厥。如果后面的人物被敌人绊倒时进入战斗模式时会使相应的人物摔倒在地，必须轮到指令或被敌人攻击才能恢复。
在游戏中有非常多的迷你游戏，可以赢得豆子或通关。还有委托任务，完成后可以得到奖励。还有很多的隐藏要素。