《诊所管理系统》是专门为社区卫生所、乡镇门诊制作的一款集病案、收费和药房于一体的管理软件。该软件功能包括：基础设置，病案管理，收费管理，药房管理和财务管理。
基础设置为其他模块做铺垫，在基础设置中把一些常用数据设置好，以便其他模块调用，方便录入、节省时间，其包括：药品信息、供药单位、人员信息和收费项目等；病案管理包括：患者初诊登记、患者复诊登记、患者查询和期间患者登记查询等；收费管理包括：收费登记、患者欠款统计和期间药品销售统计等；药房管理包括：药品入库（药品入库、期间药品入库统计），药品入库退货（药品入库退货、期间药品退货统计），药品库存（药品总库存、药品库存明细、药品缺货提醒、药品溢出提醒），药品有效期管理（已过期药品、半年内过期药品、指定天数内过期药品）；财务管理包括：付供商欠款登记和欠供商款统计。